负责地表水生态环境监管工作。组织落实重点流域水功能区划,负责涉水重污染行业整治提升工作。监督管理饮用水水源地生态环境保护工作,监督指导入河(入海)排污口设置。负责海洋生态环境保护工作。承担海洋生态环境调查评价、海洋生态保护与修复监管,监督协调重点海域生态环境综合治理工作。监督陆源污染物排海,负责防治海岸和海洋工程建设项目、废弃物海洋倾倒等对海洋污染损害的生态环境保护工作。